鑑於新冠肺炎疫情升溫，本土病例持續增加，慈濟大學以最嚴謹的態度，提升校內各項防疫規格，5月18日至6月11日全校課程改採線上授課
，社教中心課程5/17日起，停課兩週。
慈大宣佈婉拒校外人士進入校園，並進行門禁管制及體溫量測措施，入校一律佩戴口罩。6/8日前，各項活動全面延期或取消，校內會議召開全面改為線上會議。所有餐廳需採用實聯制。預定6月5日舉行畢業典禮，原規劃採去年模式即主場開幕、系所分開撥穗並配合直播方式處理，但隨著疫情警戒標準與教育部建議，將朝規模與人數減少的方向進行，待正式決定後，會另行對外公布。
防疫沒有假期，隨著疫情變化，校長劉怡均除連續二天召開線上防疫會議緊盯學校各項防疫措施外，也指示各單位應超前部署，研擬分流辦公方案，並呼籲師生最近兩週就地安住。校長也在粉專發布給師生同仁的中英文公開信，呼籲大家在艱困的時刻， 更需戒慎防疫， 虔誠共伴，也叮嚀大家都能自律，遵守相關措施與規定。劉校長表示，上人曾說：「改變自己是自救，影響別人是救人。」正是面對當前疫情的精神指導，此時此刻，生活及教與學形態的改變是為了守護自己的健康，帶動眾人共度防疫新生活是守護你我心愛的臺灣，讓我們一起「同心共濟弭災疫」。